TREM2+ e interstiziale

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Oct 25, 2023

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Nature Communications volume

Nature Communications volume 14, numero articolo: 1914 (2023) Citare questo articolo

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I meccanismi immunopatologici che guidano lo sviluppo della forma grave di COVID-19 rimangono scarsamente definiti. Qui, utilizziamo un modello di macaco rhesus di infezione acuta da SARS-CoV-2 per delineare le perturbazioni nel sistema immunitario innato. SARS-CoV-2 avvia una rapida infiltrazione di cellule dendritiche plasmocitoidi nelle vie aeree inferiori, commisurata alla produzione di IFNA, all’attivazione delle cellule natural killer e ad un aumento significativo dei monociti CD14-CD16+ nel sangue. Per analizzare il contributo dei sottoinsiemi mieloidi polmonari all'infiammazione delle vie aeree, generiamo un set di dati scRNA-Seq longitudinale di cellule delle vie aeree e mappiamo questi sottoinsiemi alle popolazioni corrispondenti nel polmone umano. L’infezione da SARS-CoV-2 provoca un rapido reclutamento di due sottoinsiemi di macrofagi: popolazioni CD163+MRC1- e TREM2+ che sono la fonte predominante di citochine infiammatorie. Il trattamento con baricitinib (Olumiant®), un inibitore di JAK1/2, è efficace nell'eliminare l'afflusso di macrofagi non alveolari, con una riduzione delle citochine infiammatorie. Questo studio delinea i principali sottoinsiemi di macrofagi polmonari che guidano l’infiammazione delle vie aeree durante l’infezione da SARS-CoV-2.

La pandemia di COVID-19 è iniziata con una serie di segnalazioni di epidemie localizzate di polmonite causate da un nuovo coronavirus, SARS-CoV-2, a Wuhan, in Cina, nel dicembre 20191,2. All’inizio del 2023, ci sono state oltre 672 milioni di infezioni documentate e quasi 7 milioni di decessi attribuiti a sequele di COVID-19. Il rapido sviluppo e la disponibilità di vaccini efficaci3,4,5 contro l’infezione da SARS-CoV-2 hanno fornito l’ottimismo tanto necessario sul fatto che i tassi di infezione diminuiranno e che il contenimento del virus a livello di popolazione è possibile. Nonostante questi risultati fondamentali, è essenziale che continuino gli sforzi di ricerca per salvaguardarsi da potenziali varianti rivoluzionarie, per sviluppare terapie per le persone colpite mentre continua il lancio del vaccino e per prevenire o ridurre al minimo l’impatto di future epidemie virali. In questa luce, la ricerca di base sulle risposte immunitarie innate e adattative alla SARS-CoV-2 continua a essere fondamentale per informare i vaccini e gli approcci terapeutici diretti a porre fine alla pandemia di COVID-19 o a diminuire la mortalità.

Dall’emergere della pandemia di COVID-19, la ricerca sulla virologia, sulle risposte immunitarie e sulla patogenesi dell’infezione da SARS-CoV-2 si è accumulata a un ritmo senza precedenti e sono sorte numerose ipotesi per spiegare i meccanismi alla base della forma grave di COVID-19. Di questi, i concetti che hanno accumulato le prove più a sostegno sono: (1) evasione o compromissione delle risposte precoci dell'interferone di tipo I (IFN)6, (2) complicanze vascolari derivanti da sindromi da ipercoagulabilità7 e (3) perturbazioni dei granulociti e delle cellule mieloidi compartimenti delle vie aeree inferiori e del sangue che si manifestano nella produzione di citochine infiammatorie8,9. Dal punto di vista immunologico, la malattia grave nei pazienti COVID-19 è stata associata a un aumento diffuso dei livelli di mediatori dell'infiammazione (ad es. CXCL10, IL-6 e TNFα) nel plasma e nel liquido di lavaggio broncoalveolare (BAL) in quello che viene comunemente definito come un "tempesta di citochine"10 e un'espansione di macrofagi, neutrofili e linfociti nelle vie aeree inferiori8. Nonostante questo impressionante accumulo di dati, i precisi eventi immunologici precoci e l’infiltrazione di cellule immunitarie che guidano l’infiammazione nelle vie aeree inferiori rimangono non caratterizzati.

I modelli di primati non umani (NHP) dell’infezione da SARS-CoV-2 (principalmente specie di macachi e scimmie verdi africane (AGM)) si sono rivelati strumenti critici, principalmente grazie alla capacità di esaminare gli eventi precoci dopo l’infezione longitudinalmente e in tessuti non disponibile nella maggior parte degli studi sull’uomo11. Gli NHP supportano alti livelli di replicazione virale nelle vie aeree superiori e inferiori12,13,14, condividono la distribuzione tissutale di ACE2 e TMPRSS2 con gli esseri umani15 e sono stati preziosi modelli preclinici di vaccini16,17,18 e terapie19,20. Inoltre, è stato dimostrato che il COVID-19 da lieve a moderato viene ricapitolato nei NHP11 infetti da SARS-CoV-2 che in genere si risolvono entro 10-15 giorni dopo l'infezione (dpi)11,20,21. Studi meccanicistici sull’infezione da SARS-CoV-2 nei NHP hanno utilizzato una varietà di tecniche ad alto rendimento e hanno riportato (1) che le risposte IFN di tipo I sono fortemente indotte nel sangue e nelle vie aeree inferiori molto presto dopo l’infezione20,22, (2) elevate citochine proinfiammatorie coerenti con la "tempesta citochinica" osservata negli esseri umani sono rilevabili nel plasma e nel BAL23, (3) patologia vascolare ed espressione genetica coerente con ipercoagulabilità sono evidenti nelle vie aeree inferiori22 e (4) aumento della produzione di citochine infiammatorie da parte del processo mieloide cellule di origine20,24.

 2) (Supplementary Fig. 4e). Of note, CX3CR1 was upregulated in the IMs, consistent with both murine and human definitions of this subset (Supplementary Fig. 4f). APOBEC3A, an RNA-editing cytidine deaminase, was also upregulated in IMs along with PTGS2, a pro-inflammatory COX-2 cyclooxygenase enzyme, TIMP1, which enables migration of cells via the breakdown of connective tissue, VCAN, an immunosuppressive regulator, and PDE4B, which regulates expression of TNFα (Supplementary Fig. 4f). We annotated the lung macrophage/monocyte subsets using the bulk sorted AM and IM datasets and found that almost all of CD163+MRC1+ cluster and some CD163+MRC1+TREM2+ cells were annotated as AM and the remaining as IM (Supplementary Fig. 4g). Thus, benchmarking our lung scRNA-Seq based reference against rudimentary bulk transcriptomic signatures demonstrated their accuracy in resolving the AM phenotype from non-AM in steady state conditions./p>11 years) specific-pathogen-free Indian-origin rhesus macaques were infected via intranasal and intratracheal routes with 1.1 × 106 plaque-forming units (PFU) SARS-CoV-2 as previously described20 and were maintained in the ABSL3 at YNPRC (IACUC permit PROTO202000035). The processing of nasopharyngeal swabs, BAL and mononuclear cells was performed as described previously20. Six (2 females, 4 males, aged >6 years) additional specific-pathogen-free Indian-origin rhesus macaques were added to the study (IACUC permit PROTO202100003) and were also infected via intranasal and intratracheal routes with 1.1 × 106 plaque-forming units (PFU) SARS-CoV-2 for characterization of CCR2 expression in whole blood and BAL./p>2 and filtering out lowly expressed genes where all of the samples at a particular timepoint were required to have detectable expression by normalized reads >0 for that gene./p>2 and normalized mean expression >5000 for either IM or AM samples./p>1.5. These were further filtered to only include genes that were classified as one-to-one orthologs and shared the same gene name between GRCh38 and Mmul10 (Supplementary Data 6)./p> 100, nFeature_RNA < 3500 and percent.mito <10 and the samples were integrated using reciprocal PCA. The cells were annotated using BPEncode database in SingleR and only the cells annotated as macrophages/monocytes in the largest cluster comprising of macrophages/monocytes was used for further analysis (Supplementary Fig. 8d, e). These cells were then annotated using the healthy lung macrophage/monocyte as reference using the FindTransferAnchors and MapQuery functions in seurat. The expression of marker genes was used to assess the accuracy of the predictions (Supplementary Fig. 8f)./p>